亡魂领主是环境操控的大师，能够使用多个大范围攻击技能压缩勇士的生存空间。勇士们需要在三个阶段中合理利用自己的移动技能在有限的空间内和亡魂领主周旋。在最终阶段时，玩家需要在有限时间内到达指定的位置，使用纳米疾驰和震地攻击抵消掉领主的灭团技净化激光。在困难难度中，玩家还需要面对额外的远程攻击纳米人压力。

驾坐在乌云之上的雷电王者，能够轻易唤来雷云闪电攻击敌对目标，不过很多时候它只需要依靠护卫能量塔便能清除威胁。当它发怒时，无论当前是何种天气都会转瞬间阴云密布，任何区域都可能会遭到密集闪电的倾泻洗礼而化作焦炭。

盲击领主是纳米黑暗力量的化身，领主一开始拥有黑暗免疫护盾，玩家无法直接对领主造成伤害，需激活战斗房间内的黑暗符文才能驱散黑暗免疫护盾。而想激活黑暗符文，需占领对应图案的符文台，这些符文台分散在领主房间外围的黑暗长廊里，长廊内部弥漫着黑雾，这些黑雾会对玩家造成伤害。此时玩家就需要击杀光能纳米怪，来获取光之力量，抵御黑雾的伤害。
盲击领主有诸多技能可以使玩家进入致盲状态，在致盲状态下，玩家的视野会受限。在 困难模式下，还需要在规定回合数内进行击杀，否则领主将狂暴，并释放毁灭仪式击杀所有玩家。

超巨型纳米领主。Boss本体大部分位于战斗平台的场外，在边缘露出上半个身子攻击平台上的玩家。有用节肢的近战攻击（砸地会产生aoe）& 镭射，导弹，以及弹幕的远程技能。怪物会断肢，断肢之后无法近战攻击。